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中国科学院南海海洋研究所重点研究热带边缘海海洋水圈－地圈－生物圈圈层结构及其相互作用特征与演变规律，探讨其对资源形成和环境变化的控制和影响，发展具有南海特色的热带海洋资源与环境过程理论体系和应用技术。以生态安全与绿色发展、海-陆-气相互作用与环境安全、边缘海与大洋板块相互作用和岛礁工程环境保障为战略主题，聚焦生态文明和国防安全建设工程，着力突破海洋领域前沿科学问题和关键核心技术。重点学科领域：热带海洋环境动力与生态过程、边缘海地质演化与油气资源、热带海洋生物资源可持续利用与生态保护和海洋环境观测体系及其关键技术。
网络应用
中国科学院南海海洋研究所仪器设备公共服务中心旨在实现大型仪器设备共管、共享、公用，为科研工作提供技术支撑。仪器设备公共服务中心按南海海洋研究所学科发展方向，下设三个技术服务平台：海洋生物分析平台、海洋环境与工程分析平台和船载海洋观测平台。海洋生物分析平台现有仪器15台，按其功能设7个仪器组。核磁共振组，显微结构分析组，流式细胞仪组，叶绿素分析组，色谱-质谱分析组，功能基因组分析组，元素分析组。
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