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中国科学院南海海洋研究所重点研究热带边缘海海洋水圈－地圈－生物圈圈层结构及其相互作用特征与演变规律，探讨其对资源形成和环境变化的控制和影响，发展具有南海特色的热带海洋资源与环境过程理论体系和应用技术。以生态安全与绿色发展、海-陆-气相互作用与环境安全、边缘海与大洋板块相互作用和岛礁工程环境保障为战略主题，聚焦生态文明和国防安全建设工程，着力突破海洋领域前沿科学问题和关键核心技术。重点学科领域：热带海洋环境动力与生态过程、边缘海地质演化与油气资源、热带海洋生物资源可持续利用与生态保护和海洋环境观测体系及其关键技术。
网络应用
中国科学院南海海洋研究所仪器设备公共服务中心旨在实现大型仪器设备共管、共享、公用，为科研工作提供技术支撑。仪器设备公共服务中心按南海海洋研究所学科发展方向，下设三个技术服务平台：海洋生物分析平台、海洋环境与工程分析平台和船载海洋观测平台。海洋生物分析平台现有仪器15台，按其功能设7个仪器组。核磁共振组，显微结构分析组，流式细胞仪组，叶绿素分析组，色谱-质谱分析组，功能基因组分析组，元素分析组。
商业服务
中国科学院边缘海与大洋地质重点实验室长期从事南海海洋地质和地球物理研究，有先进的海洋探测仪器设备和调查船，积累有丰富的研究资料，在海洋构造与地球物理、海洋沉积与环境等方面取得了一系列重要成果。中国科学院广州地球化学研究所长期从事有机地球化学、同位素地球化学和大陆边缘地质与成矿学研究，有国际一流水平的地球化学测试仪器，在地球化学和大地构造研究方面在国内具有很强的学术优势。为两所海洋地质、地球物理、和地球化学等专家开展富有成效的合作提供了良好的工作平台，形成了在学科配备、人才队伍和仪器设备等方面具有国际先进水平的一支边缘海地质研究力量，增强了边缘海地球动力学及海洋沉积过程与环境研究领域的原始创新能力。
思想学术